Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

Компания Parseq Lab (Санкт-Петербург) при сотрудничестве с ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России разработала первую отечественную тест-систему для секвенирования полного генома коронавируса SARS-Cov-2.

фото: Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

Высокотехнологичное решение позволит наблюдать за изменениями генома вируса и оперативно реагировать на них. Разработка проводилась в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI).

По всему миру продолжают выявлять случаи заражения вирусом SARS-CoV-2, вызывающим COVID-19. Когда вирус активно распространяется, он непрерывно мутирует – поэтому ключевую роль в борьбе играют научные исследования. Ведь изменения генома вируса оказывают прямое влияние как на эффективность создаваемых вакцин и используемых методов диагностики и лечения, так и на его вирулентность и трансмиссивность. Контролировать ситуацию помогут грамотный мониторинг генетических изменений и своевременная передача данных в общую международную базу EpiCoV GISAID.

фото: Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

На сегодняшний день стандартным способом диагностики COVID-19 остаётся метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). В ходе ПЦР нарабатываются специфические короткие участки вирусного генома – таким образом можно определить присутствует ли в исследуемом образце вирус. Высокоспецифичные ПЦР тест-системы были разработаны благодаря данным, полученным в результате расшифровки генома возбудителя методом секвенирования. Способ позволяет определять последовательность нуклеотидов в геноме вируса, что делает высокопроизводительное секвенирование нового поколения (NGS, MPS) незаменимым методом для исследования изменчивости SARS-CoV-2.

фото: Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

Секвенирование генома вируса является важной прикладной задачей: так, в 2020 году Центр по контролю и профилактике заболеваний СШАвыделил на поддержку программы секвенирования SARS-CoV-2 почти 9 миллионов долларов. Кроме финансовой поддержки, центр официально рекомендовал использовать метод для подтверждения случаев повторного заражения.

В России исследования геномов коронавируса также проводятся – в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов. Объединение было создано летом 2020 года по инициативе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России. Сегодня данные собираются из 36 регионов России и добавляются в международную базу данныхEpiCov GISAID.

Среди наиболее популярных и часто используемых протоколов секвенирования – ARTIC Network. Однако из-за того, что протокол опирается на реагенты зарубежных производителей с длительными сроками поставки, существенно страдает оперативность проведения подобных исследований. К тому же ARTIC Network несовершенен – глубина покрытия генома SARS-CoV-2 зачастую оказывается неравномерной, что снижает качество данных о некоторых областях.

«Тест-система Parseq Lab за счет использования большего количества более коротких ампликонов по сравнению с ARTIC Network позволяет добиться более равномерного покрытия генома. Следует отметить, что на запуск с одним и тем же объемом данных тест-система Parseq Lab позволяет проанализировать больше образцов», – отмечает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России.

При разработке новой тест-системы компания Parseq Lab ставила цель максимально покрыть геном вируса SARS-Cov-2 и стандартизировать анализ данных. Для этого необходимо было создать набор реагентов и разработать специальное программное обеспечение для обработки данных. В поиск решения включились молекулярные генетики, биоинформатики и программисты. Итогом стала новая тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, которая была опробована на базе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева». Новое высокотехнологичное решение показало практически полное и равномерное покрытие всего генома вируса и позволило в 2 раза увеличить количество одновременно анализируемых образцов, сократив временные затраты на анализ.

Для работы с геномом SARS-Cov-2 было решено использовать адаптированное программное обеспечение (ПО) VariFind™ Software. Ранее его использовали в тест-системах Parseq Lab для анализа данных генома человека. За это время программное обеспечение показало себя качественным и надёжным. VariFind™ Software позволяет выравнивать результаты секвенирования на референсный геном изолята Wuhan-Hu-1 и обнаруживать мутации в исследуемых образцах. ПО поможет существенно облегчить труд учёных по обработке данных и подвести анализ под единые алгоритмы и стандарты. Такое решение должно поспособствовать внедрению секвенирования нового поколения геномов SARS-CoV-2 в различные научные и диагностические учреждения и лаборатории России.


Международное рейтинговое агентство S&P повысило долгосрочный кредитный рейтинг компании AO «АльфаСтрахование с «BB+» до «ВВВ-», изменив прогноз по нему на «стаб...

Об этом корреспонденту ИА REGNUM 12 апреля заявил экономист, предприниматель, член генсовета «Партии роста» Антон Любич. Так он прокомментировал соотве...

Об этом корреспонденту ИА REGNUM 12 апреля заявил экономист, предприниматель, член генсовета «Партии роста» Антон Любич. Так он прокомментировал соотве...

Китай, будучи фактически основным производителем компьютерной и телекоммуникационной техники в мире, конечно же, получает огромное конкурентное преимущество, о...

Об этом корреспонденту ИА REGNUM 13 апреля заявил эксперт, предприниматель, председатель Мурманского регионального отделения «Партии роста» Николай Паль...

Об этом корреспонденту ИА REGNUM 13 апреля заявил политолог, сопредседатель «Партии роста» Сергей Станкевич.«Рост американской экономики действительно у...

Общая страховая сумма – 30 млн.. «У «АльфаСтрахование» большой опыт сотрудничества с энергетическими компаниями по всей стране, а защиту «Дагестанэнерго», одного...

Так, более 500 тысяч туристов вынуждены отменить свой отпуск в Турции из-за ограничений.. Об этом корреспонденту ИА REGNUM 13 апреля заявил председатель совета ...

Leave a Reply